长治管理中心内设6个部门，具体部门职能为：

综合部：负责协调办公室、组织、宣传、党群、后勤、巡察、工会等条线工作，加强对辖内的综合管理服务。

纪委办公室：负责推进全面从严治党、党风廉政建设、执纪监督问责等工作。

计划财务部：负责协调战略规划、计划财务、金融市场等条线，加强对辖内机构资产负债管理和财务管理，协调推进改革化险、提质增效政策的执行落实。

风控部：负责协调风险管理、法律合规、资产管理等条线工作，加强对辖内机构的合规管理与风险防控。

业务一部：负责协调信贷管理、机构金融、零售金融等条线工作，加强对辖内机构的业务管理。

业务二部：负责协调运营管理、科技信息、客户服务、安全保卫、资金清算、反洗钱等条线工作，加强对辖内机构的业务支撑。